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Microbiote et cancers coliques

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« À chaque étape de la carcinogenèse colique, on peut associer une bactérie (1) »

L’augmentation de l’incidence de certaines néoplasies ne s’explique pas uniquement parce que l’on vit plus longtemps, pas uniquement parce que l’accès aux soins est meilleur, mais il y a, à l’évidence, une écologie différente expliquant l’augmentation de certains cancers tels que le cancer colorectal, l’hépatocarcinome, le cancer du pancréas. A contrario, l’incidence du cancer de l’estomac diminue dans les pays développés. « L’écologie des maladies a changé, explique le Pr Iradj Sobhani (hôpital Henri-Mondor, Créteil). Le gain de longévité grâce à la maîtrise des maladies infectieuses contraste avec l’émergence de nouvelles maladies et en particulier de maladies
(dys)immunitaires (SEP, maladie de Crohn, par exemple). »


Du séquençage nucléotidique d’ADN bactérien…

Dans 1 ml de suc de l’estomac, on trouve une centaine de bactéries, dans 1 ml de contenu fécal, on trouve jusqu’à 1012 à 1013 bactéries. La plupart de ces bactéries (plus de 70 %) ne sont pas cultivables. Des approches fondées sur la biologie moléculaire, c’est-à-dire le séquençage nucléotidique d’ADN bactérien, ont été mises au point, permettant l’identification des bactéries d’un individu ou de groupes d’individus. « À chaque étape de la carcinogenèse colique, on peut associer une bactérie (1) », explique le Pr Sobhani.

 

…à l’étude du noyau phylogénétique du microbiote intestinal entre individus permettant des comparaisons

Globalement, le noyau phylogénétique bactérien du microbiote intestinal est maintenant caractérisé chez les individus sains, et une comparaison avec les autres groupes individuels est devenue possible. L’analyse du rôle du microbiote dans le cancer du côlon a été initiée au cours d’un travail pilote. Cette étude a montré que le noyau phylogénétique du microbiote intestinal des patients atteints d’un cancer colorectal était différent de celui des sujets du même âge et du même sexe avec coloscopie normale. Cette modification concerne la diversité bactérienne et est associée à la présence, à l’échelle microscopique, d’un infiltrat inflammatoire de type TH17 dans la muqueuse colique (2). « La communauté bactérienne au cours d’un cancer sporadique du côlon est différente de celle observée lors d’un syndrome de Lynch ; ces deux profils phylogéniques se différencient de celui du groupe contrôle. Donc, l’écologie bactérienne est différente (3, 4) », insiste le Pr Sobhani.

 

Une signature bactérienne dans le cancer colique

Le séquençage de l’ensemble des bactéries a permis d’identifier 22 bactéries d’intérêts ; certaines sont surreprésentées en cas de cancer du côlon, d’autres sont sous-représentées. Grâce à de savants calculs mathématiques, un score quantitatif et qualitatif a été construit permettant de caractériser « une signature bactérienne ayant une meilleure sensibilité et spécificité que le test Hemoccult réalisé en routine ou qu’un test sanguin de mutation génique ou de méthylation. Mais identifier cette signature bactérienne coûte cher. » Certains se sont attachés à regarder chaque bactérie. Parmi les bactéries commensales, les fusobactéries et particulièrement le Fusobacterium nucleatum ont été isolés à partir de tissu cancéreux. Cette bactérie est le plus souvent associée à un certain profil de tumeur où on observe un grand nombre de méthylations, des mutations sur le gène p53, des niveaux d’instabilité micro-satellitaires (5). « Aujourd’hui, on définit une carte d’identité génique de chaque tumeur. Demain, il y aura, associée à chaque carte génétique, la bactérie. »

 

Et l’alimentation, quel impact ?

Une étude d’intervention a été menée pour vérifier l’impact du régime alimentaire sur la composition du microbiote fécal. L’évolution de la composition ainsi que les métabolites présents dans les selles et les urines ont été étudiés chez une vingtaine d’Africains natifs (50 à 65 ans) vivant en Afrique et soumis à un régime exclusif de type occidental, soit globalement riche en viandes animales, graisses et sucres et pauvre en fibres. Le séquençage moléculaire bactérien au 15e jour a montré une modification du microbiote colique chez les Africains soumis au régime occidental, une forte augmentation dans les selles des sels biliaires (tels que l’acide cholique) associée à une augmentation de l’infiltrat inflammatoire muqueux et davantage de prolifération épithéliale(6).

L’alimentation riche en protéines animales impacte le microbiote intestinal : « On observe moins de Prognisi et plus de Clostridium, donc vous augmentez les bactéries pro-inflammatoires. Le cancer colique est selon O’Keefe la résultante d’une interaction entre l’alimentation et les bactéries de la flore digestive, entraînant une prolifération épithéliale croissante, une diminution des substances bioactives qui protègent (acides gras à courtes chaînes, acide butyrate – 70 %) et une augmentation des substances bioactives néfastes (acides biliaires augmentent de + 60 %), indique le Pr Sobhani. L’inflammation modérée va créer une écologie dans laquelle des bactéries favorables à l’inflammation vont prendre la place d’autres bactéries. »

Dr Sophie Carrillo

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