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Le microbiote intestinal : un véritable organe

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« Les progrès de la microbiologie et de la description de l’écologie du microbiote nous permettent des avancées diagnostiques et thérapeutiques »

L’être humain est un holobionte porteur de microbes. Ces microbes qui nous peuplent, fonctionnent pour la plupart de manière symbiotique avec l’hôte que nous sommes. Bactéries, levures, Archae, virus présents dans notre écosystème, constituent notre microbiote. Chaque microbiote diffère selon sa localisation : tube digestif, intestin, côlon, peau, muqueuse… et aussi selon l’individu. Le microbiote intestinal ou flore intestinale est le plus important d’entre eux (1).
Cet ensemble de microbes que nous portons représente 100 à 1 000 fois plus de gènes que notre propre génome. Étant donné que les gènes codent pour des protéines possiblement capables d’actions, notre microbiote disposerait donc d’un potentiel d’activité au moins 100 fois supérieur au nôtre. Et c’est bien là ce qui fait l’intérêt grandissant de ce sujet pour le professeur Philippe Marteau : « Nous commençons à comprendre le rôle physiologique et physiopathologique du microbiote. Nous pensons que nous disposerons sous peu de biomarqueurs basés sur les modifications du microbiote qui apporteront vraisemblablement une aide pour le diagnostic et l’évaluation de l’efficacité des traitements. Les modulateurs du microbiote : transplantation fécale, fibres, aliments ou compléments pré et/ou probiotiques constituant, selon leur niveau de preuve, une option thérapeutique ».

Qu’est-ce qu’un microbiote normal ?

« Les êtres humains sont tous identiques et tous différents et il en va de même pour leur microbiote », explique Philippe Marteau. Et si chaque individu peut, avec les bons outils, être reconnu par son microbiote, il semble tout de même que le microbiote d’hommes sains dispose d’un petit nombre de micro-organismes communs qui constituent un noyau microbien (2).
La biodiversité et la richesse microbienne sont également des caractéristiques écologiques favorables au main-tien de la stabilité d’un écosystème, car elles aident à sa résistance et à sa résilience (retour à l’état antérieur) en cas de perturbation (3).
Plus que de normalité, les experts s’accordent à parler d’eubiose et de dysbiose. La dysbiose, qui correspond à un déséquilibre du microbiote, peut être associée à un excès de pathobiontes (micro-organismes potentiellement délétères), un manque de micro-organismes bénéfiques, ou une perte de structure de l’écosystème (notamment restriction de la biodiversité et/ou de la richesse microbienne) (3).

Les dysbioses, signatures de certaines pathologies

Les fonctions et rôles de notre microbiote intestinal sont multiples : il facilite la digestion, participe au métabolisme chimique, à la production de vitamines, contribue à la maturation de notre système immunitaire et joue également un rôle de barrière. La modification de l’équilibre microbiotique n’est donc pas sans conséquence.
« Les antibiotiques peuvent, de manière involontaire, léser notre microbiote et contribuer à la prolifération de microbes plus résistants, auparavant dominés par les autres. (…) Et voilà une colite à Clostridium difficile qui peut apparaître chez certains sujets », précise Philippe Marteau. Grâce aux outils de biologie moléculaire, des auteurs ont pu mesurer l’impact de l’antibiothérapie sur le microbiote, la grande variabilité interindividuelle du retour à la normale ainsi que le rôle de Saccharomyces boulardii dans la diminution des diarrhées et la prévention de la dysbiose (4, 5). D’autres maladies sont également liées au microbiote intestinal, parmi lesquelles l’ulcère à Helicobacter pylori, le syndrome de l’intestin irritable, les maladies inflammatoires et, peut-être, la dépression, l’autisme, d’où la notion d’axe « intestin-cerveau » employée par certains experts.
« Dans les maladies inflammatoires de l’intestin, on trouve tout un tas d’anomalies du microbiote qui sont très souvent répétées : diminution de la richesse microbienne, diminution de biodiversité et notamment du firmicute dominant, Faecalibacterium prausnitzii. (…) Différentes études montrent un rôle protecteur de ce microbe qui constitue une piste solide pour un traitement ».

Caroline Nidelet

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